Alguns historiadors situen l’origen de Gerri ja en l’època romana, moment en el qual els salins ja eren explotats. No obstant això, les primeres referències documentals que ens il•lustren de l’existència d’una explotació salinera daten del segle IX.

De fet, diversos autors atribueixen l’emplaçament d’aquest monestir benedictí a la presència del manantial d’aigua salada. L’actual edifici de Santa Maria, consagrat el 25 de setembre de 1149, fou construït segons els esquemes habituals dels edificis monàstics alt-medievals, tot i que l’edifici fundacional estaria situat en una petita església d’origen visigòtic no molt llunyana de l’actual edifici. Fou un dels monestirs més rics del Bisbat d’Urgell, i d’entre el seu nombrós i extens patrimoni cal destacar la sal i les salines, un element primordial en època medieval.